Laboratory of Molecular Modeling
(Drug-design)

 

 Head of Laboratory - Lisnyak Yuriy Vladimirovich, MS in Biophysics, PhD in Physics & Mathematics, Senior scientist.

 

Staff of laboratory:

1. Lisnyak Yu.V. – head


2. Djelali V.V. – senior scientist, PhD in Chemistry
3. Davidenko M.B. – leader computer programmer engineer
4. Glazunova L.I. – computer programmer engineer, 1 category
5. Slutskaya S.P. - computer programmer engineer, 1 category
6. Chursin V.V. – electronics engineer, 1 category
7. Valkovskaya T.V. – leader engineer-metrologist
8. Gurenko A.D. - computer programmer engineer, 1 category
9. Petrova T.N. - computer programmer engineer, 1 category
10. Rudenko A. - technician, 1 category
11. Gudakov A.P. - technician, 1 category

 Main scientific directions


 Computer modelling of biomolecular systems, computer-assisted drug design:
1)     structural aspects of biological activity; molecular recognition, analysis of molecular shape;
2)     three-dimensional structure and conformational possibilities of biomolecules and biopolymers; specific and nonspecific intermolecular interactions; analysis of intramolecular interactions, effect of water on stability of biomolecules and biopolymers;
3)     quantitative structure-activity relations (QSAR’s), statistical analysis, molecular descriptors obtained by the graph theory and information theory.

Pic. 1 Amfotericine channel

  

Pic 2. b-cyclodextrine complex with coffeine


 

 Recent projects:
- The study of intermolecular interactions and structure of complexes of drugs with additive substances /1998-2001/
- The study of structural peculiarities and stability of drug-cyclodextrin complexes /2001-2003/
- The study of supramolecular complexes of antimicrobial compounds with additive and model substances /2004-2006/
 

Current project:
- The study of interactions of cyclodextrins and their functionalized derivatives with biomolecules /2007-2009/

Staffing:
 Lisnyak Yu.V. – leader of the project
Klemchuk L.V. – scientist, PhD in technical/engineering sciences
Davidenko M.B. – leader computer programmer engineer
Slutskaya S.P. - computer programmer engineer, 1 category
Rudenko A. - technician, 1 category
Gudakov A.P. - technician, 1 category

 Selected publications:
Lisnyak Yu.V., Martynov A.V., Baumer V.N., Shishkin O.V., Gubskaya A.V.Crystal and Molecular Structure of beta-Cyclodextrin Inclusion Complexes with Succinic Acid // Journal of Inclusion Phenomena and Macrocyclic Chemistry. - 2007. 
Lisnyak Yu.V., Martynov A.V., Gubskaya A.V. Molecular Modeling study of Polyene-Sterol Membrane Channel. //2nd International  Symposium "Methods and Applications of Computational    Chemistry".   Kyiv, 2 - 4 July, 2007. - Book of Abstracts. - Kyiv, 2007.
Lisnyak Yu.V., Volyansky A.Yu., Dubinina N.V, et al.Computer Modeling in the Search of Drugs. – Kharkov: “Oko”, 2006. - 192 p.
Lisnyak Yu.V., Kosevich M.V., Gubskaya A.V. Peculiarities of Intra-Molecular Hydrogen Bonding in Glycerol // IV Congress of Ukrainian Biophysical Society. - Donetsk, 19-21 December, 2006. - Book of abstracts. - Donetsk, 2006. - P.310-    311.
Lisnyak Yu.V., Gubskaya A.V., Martynov A.V. Beta-Cyclodextrin Inclusion Complexes with Methyl Xanthines. Molecular Mechanics Study Accounting for the Solvent. //1st International  Symposium "Methods and Applications of Computational Chemistry".   Kharkiv, 30 June - 1 July, 2005. - Book of Abstracts. - Kharkiv, 2005. - P.49.
Lisnyak Yu.V., Gubskaya A.V. Molecular Modeling Study of beta-Cyclodextrin Inclusion Complexes with Some Methylxanthine Derivatives // I Ukrainian Scientific Conference "Problems of Biological and Medical     Biophysics". - V.N. Karazin Kharkiv National University, Kharkiv, 20-22 September, 2004. - Book of Abstracts. - Kharkiv, 2004. - P.98.
Lisnyak Yu.V., Kosevich M.V., Gubskaya A.V. Conformational Possibilities of Glycerol Molecule // Visnyk of V.N. Karazin Kharkiv National University. - № 637. - Biophysical Bulletin. - Issue 1-2 (14). - 2004. - P.5-15.  
Levitin E.Ya., Lisnyak Yu. V. Pharmacophore Elements of Substituted Benzylhydrazides of 4-R-2 Chlorbenzoic Acid which Exhibit Antiviral Activity. // Vestnik of Voronezh University. Series: Chemistry; Biology; Pharmacy. - 2003. - Issue 2. - P. 231-242. 
Volyansky A.Yu., Pasechnik T.O., Tolstanov A.K., Lisnyak Yu.V. Targets of Antibiotics and Dependences between their Structure and Activity.   // Annals of Mechnikov's Institute (Russ).- 2001, N 1.- P. 39-41.
Andrievsky G.V., Lisnyak Yu.V., Klochkov V.K.,Volyansky Yu.L., Malaya L.T. 252 Cf-Plasma Desorption Mass Spectrometric Study of Quinolinium Salts and Method of Estimation of their Molecular Interactions with Phospholipids. International Journal of Mass Spectrometry and Ion Processes, 1997, vol.164, p.1-11.
Gubskaya A.V., Aksyonov S.A., Kalinkevich A.N., Lisnyak Yu.V., Chuev V.P., Chivanov V.D.  252 Cf-Plasma Desorption Mass Spectrometric Study of the Inclusion Complexes of Cyclodextrins with Coumarins.  Rapid Communications in Mass Spectrometry, 1997, vol.11, p.1874-1878.

 

Нанобиоэлетрохимическая научно-исследовательская группа в составе лаборатории Молекулярного моделирования Института микробиологии и иммунологии им. И.И. Мечникова АМН Украины

 

Научные направления исследований:

 

Исследование фундаментальных взаимодействий ДНК, нуклеотидов, макромолекул, антигенов и антител с поверхностью электродных сенсорных платформ. Исследование процессов иммобилизации макромолекул.

 

Прикладные направления исследований:

 

Создание биоэлектрохимических наносенсорных систем для экспресс-идентификации ДНК, макромолекул и болезнетворных микроорганизмов.

 

Инструментальные методы исследований:

 

Импедансная спектроскопия, циклическая вольтамперометрия, автоматизированный электрохимический эксперимент.

 

Методы анализа экспериментальных данных:

 

Компьютерная обработка результатов измерений. Компьютерное моделирование.

 

 

Выполняемый проект “Разработка высокочувствительных электрохимических биосенсоров с межфазными нанопереходами для контроля степени накопления микробов и их токсинов.”

 

Финансирование: АМН Украины.

 

 

Руководитель группы Джелали Владимир Владимирович, кандидат химических наук

по специальности электрохимия, член Международного электрохимического общества (ISE), старший научный сотрудник. e-mail: djelali@matrixnet.org.ua

 

Сотрудники подразделения:

 

Клемчук Людмила Владимировна, кандидат технических наук, старший научный сотрудник.

Бордунов Михаил Васильевич, старший научный сотрудник.

Колотова Тамара Юрьевна, старший научный сотрудник.

Волковская Тамара Викторовна, ведущий инженер метролог.

Глазунова Лилия Ивановна, инженер программист 1 категории.

Суходуб Людмила Борисовна, младший научный сотрудник.

Чурсин Владимир Владимирович, инженер электронщик 1 категории.

 

 Список избранных публикаций

 

1.        Джелали В.В., Ханин А.М. Исследование адсорбции азот- и серосодержащих соединений на железе. //Электрохимия. – 1982.  – Т.18. – С. 836 – 839.

2.        Джелали В.В., Ханин А.М. Определение защитного действия ингибиторов импедансным методом.  //Защита металлов. 1982. – Т.19. – В. 4. – С. 665 –668.

3.        Джелали В.В., Ханин А.М., Ладыгин В.Н. Установка для импедансных исследований электрохимических систем. // Электрохимия. – 1988. – Т. 18. – С. 987 – 990.

4.        Джелали В.В., Орлова Н.Н., Мирошник Л.В., Ларин В.И. Импеданс ионоселективных мембран на основе медьцеллюлозного комплекса. //Вестник Харьковского университета. 1997. ­– №395’97. – химические науки № 1. – С. 289 – 296.

5.        Джелали В.В., Александров Ю.Л., Рубцов В.И., Ларин В.И. Квазиравновесная термодинамика электрохимических цепей. Информационные технологии. Сб. науч. Труд. ХГПУ. – 1998. – В. 6. – Ч. III.– С. 67 – 71.

6.        Джелали В.В., Ларин В.И., Рубцов В.И., Яковлева Т. П. Квазиравновесная термодинамика гальванических элементов. II Украинский электрохимический Съезд. Днепропетровск //Вопросы химии и химической технологии. – 1999. – № 1. – С. 104 – 106.

7.        Джелали В.В., Ларин В.И. Нелинейные уравнения электрохимической кинетики. //Материалы III Украинского съезда по электрохимии. Вестник Львовского Ун-та. Серия  хим.– Львов. – 2002. – В. 42. – Ч. 1. – С. 45–48.

8.        Джелали В.В. Проверка нелинейных уравнений электрохимической кинетики. //Материалы III Украинского съезда по электрохимии. Вестник Львовского Ун-та. Серия  хим.– Львов. – 2002. – В. 42. – Ч. 2. – С. 32–35.

9.        Джелали В.В., Ларин В.И. Импеданс и коэффициенты переноса электрона в условиях саморастворения металла на границе металл – электролит. //Укр. хим. журн. – 2001. – Т.67. – №12. – С.85 – 88.

10.     Джелали В.В., Нестеренко С.В. Импедансная спектроскопия межфазной границы полупроводник-электролит // Вестник НТУ «ХПИ». – Харьков, 2005. – №15.  – С.47-50.

11.     Джелали В.В. Электрохимические методы определения скорости коррозии сталей и сплавов. Международный информационно–технический журнал “Оборудование и инструмент для профессионалов”. 2005 г.  –№ 10(69). – С. 70 – 74.

12.     Джелали В.В., Волянский А.Ю. БИОСЕНСОРЫ. Анналы Мечниковского института. 2006.

13.     Джелали В.В., Волянский А.Ю., Мартынов А.В. Энергия активации замедленного электронного транспорта в ферментативном амперометрическом биосенсоре. Анналы Мечниковского института. 2006.

14.     Джелали В.В., Нестеренко С.В. Механизм аномального растворения сталей. //Укр. хим. журн. – 2007. – Т.73. – №5-6. – С.85 – 88.